জনশ্রুতি আছে, নেত্রকোনা শহরের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত মগরা নদীর বাঁক চোখের বা নেত্রের কোণের মতো বলে এই জায়গার নামকরণ হয়েছে ‘নেত্রকোনা’। কেউ কেউ এমনও মনে করেন, মগরা ও কাংশ নদী পরিবেষ্টিত এই জেলা দেখতে চোখ বা নেত্রের মতো দেখতে বলেই এমন নামকরণ।
বিলু কবীরের লেখা ‘বাংলাদেশের জেলা: নামকরণের ইতিহাস’ গ্রন্থ থেকে জানা যায়, নাটোরকোণা গ্রামটি বর্তমানে নেত্রকোনা জেলা শহরের সাত-আট কিলোমিটার উত্তর-পশ্চিমে অবস্থিত। একসময় প্রশাসনিক কাজকর্ম নাটোরকোণা গ্রামেই চলতে থাকে। এই ‘নাটোরকোণা’ নামটিই কালের পরিক্রমায় ‘নেত্রকোনা’ উচ্চারণরূপ ধারণ করে।
